המעבר הפוליטי, התרבותי והדתי מן התקופה הביזנטית לתקופה המוסלמית הקדומה, שהוא גם המעבר מנצרות לאסלאם בארץ ישראל וסביבתה, נחשב עד לפני כ-30 שנה לתהליך היסטורי ברור המתועד במקורות ההיסטוריים ומגובה לכאורה גם בממצא ארכאולוגי. על פי התיאור ההיסטורי המקובל חדרו השבטים המוסלמים ממרכז ערב לסוריה וארץ ישראל במהירות רבה לאחר התגבשות האסלאם בערב. כמה קרבות גדולים הכריעו את המערכה על הארץ, ובהם קרב ירמוך המפורסם שבו ניגף הצבא הביזנטי בפני המוסלמים בשנת 636 לספירה. בתוך כעשר שנים נקבעה מציאות פוליטית, תרבותית ודתית חדשה במרחב שבין עירק, סוריה, ארץ ישראל ומצרים, שעבר לשליטתם של המוסלמים.
רוב החוקרים קשרו את קצה של הפריחה היישובית בהר הנגב ואת נטישת היישובים החקלאיים באזור לחדירתם של השבטים המוסלמים.
בשנים האחרונות הועלו במחקר ההיסטורי כמה הסתייגויות מן התיאור המקובל הזה. כמה חוקרים הציעו שתהליך חדירת השבטים הערביים לארץ ישראל וסביבתה והתגבשות הדת המוסלמית באזורים הללו היה ארוך ומורכב מזה המצטייר במקורות ההיסטוריים, שרובם נכתבו שנים רבות לאחר התרחשות האירועים.
בהיעדר מקורות היסטוריים מהימנים מהווים הממצאים הארכאולוגיים מקור ראשון במעלה לבירור תהליך השינוי שעבר על ארץ ישראל בכלל בתקופה סוערת זו. ואכן ב-30 השנים האחרונות חלה תנופה גדולה במחקר הארכאולוגי של שלהי התקופה הביזנטית והתקופה המוסלמית הקדומה.
המחקר הארכאולוגי האינטנסיבי שנערך בנגב מספק שפע של נתונים המאפשרים התייחסות לתהליכים הפוליטיים, התרבותיים והדתיים שעברו על אזור זה, הנמצא בשולי הארץ הנושבת.
הסקרים והחפירות בהר הנגב התמקדו בערים הגדולות – חלוצה, רחובות בנגב, עבדת, ממשית, שבטה וניצנה, ביישובים הקטנים ובשדות החקלאות הקדומה בהר הנגב, ובאתרי הנוודים בשולי הארץ הנושבת. סקרים וחפירות נוספים נערכו גם באזורי הערבה, דרום הנגב ואילת.
חפירות הערים - הנתונים המתקבלים מרוב הערים שנחפרו – במיוחד משבטה וניצנה, ובמידה מסוימת גם מרחובות – מראים על המשכיות יישובית אל תוך התקופה המוסלמית הקדומה, תוך ירידה בעצמתו של היישוב. נראה שהיישובים הגדולים בנגב המשיכו להתקיים, בחלקם לפחות גם בתקופה המוסלמית הקדומה, ובוודאי שלא נטשו עם הכיבוש. יחד עם זאת, יש לציין שכל אחד מן היישובים הגדולים מייצג תהליך שונה. בחלק מן הערים גם ניתן ביטוי לשינויים התרבותיים והדתיים – למשל בבניית המסגד הצנוע ליד הכנסייה הדרומית
בשבטה.
היישובים החקלאיים הקטנים ואתרי הנוודים – כאן יש לציין את התרומה המשמעותית ביותר של "סקר החירום בנגב", שנערך לאחר חתימת חוזה השלום עם מצרים וההיערכות החדשה של צה"ל בנגב, להבנת המערכת היישובית של שלהי התקופה הביזנטית והתקופה המוסלמית הקדומה באזור. במחקר התגלו מאות אתרים משלהי התקופה הביזנטית ומן התקופה המוסלמית הקדומה, שהמחישו את עצמתו של היישוב בנגב בתקופות הללו. אין ספק שבין המאות השביעית והתשיעית התקיים באזורי השוליים של הר הנגב והערבה מערך התיישבות גדול וצפוף, בעל מאפיינים רגיונליים (אזוריים) מובהקים. כך למשל היו יישובי דרום הערבה קשורים במישרין לעיר איילה – עקבה, שפרחה בתקופה המוסלמית הקדומה.
המחקר האינטנסיבי של אתרי הר הנגב והערבה הביא להתפתחותן של שתי גישות מקבילות להבנת התהליכים היישוביים בנגב בתקופה המוסלמית הקדומה – הגישה הממלכתית והגישה הרגיונלית.
הגישה הממלכתית טוענת למעורבות מסיבית של השלטון המרכזי בנגב. פריחת היישובים החקלאיים בתקופה המוסלמית הקדומה הייתה תוצר של מדיניות מכוונת של השלטון המרכזי. כך גם יש לראות את חדירת האסלאם לנגב כחלק מן התהליך הממלכתי המונע על ידי השלטון המרכזי, והביטוי המעשי שלו הוא במספר רב של מסגדים פתוחים שנבנו ברחבי הר הנגב והערבה.
הגישה הרגיונלית מסבירה את התהליכים היישוביים והתרבותיים בהקשר האזורי ולא הממלכתי. על פי גישה זו, הנגב, כאזור שוליים בתהליכים הגאופוליטיים של המזרח הקרוב, לא הושפע מהם ישירות, ולכן יש לראות הן את התהליכים היישוביים והן את התהליכים התרבותיים שהתקיימו בו במישור המקומי ולא הממלכתי. השינויים במאזן הכלכלי של היישובים הגדולים הם שהניעו תהליכים של התיישבות נוודים ומעבר לחקלאות בהר הנגב ובערבה בתקופה המוסלמית הקדומה.
בדרום הערבה התקיים תהליך שונה במקצת, והיישובים החקלאיים ומרכזי הפקת הנחושת באזור זה היו חלק מן העורף החקלאי של איילה – עקבה.
אחת התופעות הארכאולוגיות הקשורות ליישובי הנגב בתקופה זו היא גילויים של כמה מסגדים פתוחים בסמוך ליישובים. אלה בדרך כלל גדרות נמוכות התוחמות שטח מלבני, ובקיר הפונה לדרום-מזרח יש גומחה עגולה - המחראב, המציינת את כיוון התפילה למכה.
האופי המקומי של המסגדים מודגש בצורת הבנייה ובסמיכות ליישובים. נראה שהמסגדים נבנו בשלב מאוחר יחסית בתקופה המוסלמית הקדומה, החל מן המאה השמינית לספירה.
לציון מיוחד ראוי המסגד הפתוח הסמוך לצומת שדה בוקר, שבסביבתו התגלו מאות כתובות ערביות חקוקות בסלעי הגיר. ליד באר אורה בערבה התגלה מסגד פתוח שבו שתי גומחות, האחת פונה דרומה והשנייה מזרחה. משה שרון הציע לראות במסגד הזה עדות לשינוי כיוון התפילה באסלאם הקדום ממזרח לדרום, אולם השרידים הדלים מקשים על ביסוס של פרשנות זו.
ממצא המסגדים בנגב מחדד את השאלה מה היה מעמדו של אזור הנגב בתהליכי ההשתנות התרבותית והדתית בדרום ארץ ישראל. אין ספק שניתן לציין תהליך ברור של מעבר מכנסיות למסגדים בהר הנגב, וכן מתרבות המצבות של התקופה הנבטית והביזנטית למסגדים פתוחים בתקופה המוסלמית הקדומה. מן הממצא הארכאולוגי נראה שתהליכי השינוי בנגב היו מקומיים, תוצר לוואי לתהליכים הגאופוליטיים שהתרחשו בלבה של הארץ הנושבת. תהליכי השינוי בנגב התפרסו על פני תקופה ארוכה יחסית ולא שיקפו אירוע פוליטי ודתי חד-פעמי שגורם לשינויים בתרבות חומרית.